Resources:
将CRISPR编辑与细胞表型相关联
以单细胞分辨率将CRISPR编辑与基因表达表型直接关联。
获得更深入的见解
通过单细胞全转录组或靶向基因表达获得全面的见解，而不仅仅是细胞状态。
扩展您的CRISPR筛选
分析成千上万个细胞中数百个基因的遗传扰动效应。
缩短分析时间
与细胞存活分析所需的长时间培养相比，更快获得基因表达结果。
单细胞分辨率
逐个细胞地大规模分析疾病通路和扰动效应。
简化数据分析
通过易用的软件来探索扰动后的基因表达谱。
探索您的应用
可扩展的功能基因组学
验证GWAS和QTL研究中确定的重要信息
了解疾病生物学的机制
揭示整个基因组对疾病的遗传贡献
久经考验的结果
文献
Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing
Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing
Nat Biotechnol. 2020, Replogle JM, et al.
Nat Biotechnol. 2020, Replogle JM, et al.
High-resolution characterization of gene function using single-cell CRISPR tiling screen
High-resolution characterization of gene function using single-cell CRISPR tiling screen
Nat Commun. 2021, Yang L, et al.
Nat Commun. 2021, Yang L, et al.
Systematic dissection of transcriptional regulatory networks by genome-scale and single-cell CRISPR screens
Systematic dissection of transcriptional regulatory networks by genome-scale and single-cell CRISPR screens
Sci Adv. 2021, Lopes R et al.
Sci Adv. 2021, Lopes R et al.
资源
查找有关Chromium单细胞CRISPR筛选的最新应用指南及其他文档。
Direct capture of guide RNAs enables scalable and combinatorial single cell CRISPR screens
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Research Snapshot, 10x Genomics
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Discovering mechanisms of cancer immune evasion with multiomic single cell CRISPR screens
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Research Snapshot, 10x Genomics
Research Snapshot, 10x Genomics
Transforming drug discovery with single cell CRISPR screens
Transforming drug discovery with single cell CRISPR screens
Infographic, 10x Genomics
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完整的解决方案
Chromium单细胞基因表达试剂
使用我们的试剂盒，您可以通过3’mRNA、细胞表面蛋白、CRISPR扰动等来探索细胞多样性。
世界级的技术支持和客户支持
您可以通过电话或电子邮件联系我们的专家支持团队。
工作流程
- 1
设计CRISPR文库
选择您想要进一步研究其功能的目标基因——您既可以选择数十个基因来深入研究，也可以选择构成多条通路的数百个基因来广泛筛选。然后，从多个免费的CRISPR向导RNA设计工具中选择一个来设计您的sgRNA，并订购，将其克隆到采用10x Genomics捕获序列的CRISPR载体中。
资源 - 2
制备样本
转导并刺激细胞 - 感染细胞，选择表达CRISPR向导的细胞，然后施加刺激物。收集细胞，开始探索成千上万个细胞。按照洗涤、计数和浓缩细胞的最佳做法，尽量减少细胞团块的存在，并回收高质量的单细胞悬液。
资源 - 3
构建10x文库
采用我们的试剂盒和兼容的Chromium仪器构建带有条形码的10x文库。Chromium仪器家族的任一平台将每个细胞和一个带有10x条形码的凝胶珠封装在单个液滴中。在每个纳升级的液滴中，mRNA和细胞表面蛋白对应的转录本都经过逆转录生成cDNA，其中单个细胞的所有cDNA都带有共同的10x条形码。
单细胞CRISPR筛选是否与靶向基因表达兼容？
是的，您既可以探索全转录组的扰动效应，也可以使用靶向基因表达关注感兴趣的通路，通过测序成本的降低进一步扩大筛选规模。
资源 - 4
- 5
数据分析
Cell Ranger分析软件可自动为每个细胞分配向导，并直接评估向导对目标基因以及整个转录组的扰动效应。
分析流程输出
输出结果包括质控信息和文件，这些文件可轻松用于Loupe Browser可视化软件或第三方R工具及Python工具的进一步分析。
资源 - 6
数据可视化
使用我们的Loupe Browser可视化软件，您可以交互式地探索实验结果。研究目标基因的表达模式，分析各个向导靶点所产生的扰动表型，并开展细胞簇和样本之间的比较分析。
只有生物信息学家才能使用吗？
Loupe是点选式软件，任何人都可以轻松下载和使用。
资源
常见问题
来自10x Genomics的单细胞CRISPR筛选能够捕获每个细胞中的CRISPR sgRNA和细胞转录本并加上条形码，以混合向导文库的形式提供扰动和表型之间的直接关联。此外，分析读数提供了每个细胞的信息，能够分辨样本中的细胞簇和亚群。
CRISPR敲除、抑制和激活均经过了10x Genomics的结合Feature Barcode技术的单细胞基因表达解决方案的验证。
**我们的5’ CRISPR筛选分析与现有的大多数Cas9向导RNA载体兼容。**如果您已有CRISPR文库，或首次进行单细胞CRISPR筛选，我们建议您使用单细胞5’ v2分析，它与大多数向导文库兼容，几乎无需优化。
**我们的3’ CRISPR筛选分析需要在载体的适当位置上插入特定的捕获序列，以便捕获向导。**如果您希望将单细胞CRISPR实验的数据与之前利用3’单细胞基因表达以及Feature Barcode技术开展的实验进行比较，我们建议您继续使用单细胞3’ v3.1分析，以便减少批次效应。
基因编辑或功能基因组学核心实验室通常会提供资源，或者可以指导CRISPR向导的设计。Addgene也提供指导，帮助您选择最佳的CRISPR sgRNA设计工具。您也可以向MilliporeSigma提供目标基因列表，他们将为您订购的混合文库设计向导。
10x Genomics提供了两种类型的软件，可帮助您分析数据：Cell Ranger和Loupe Browser。Cell Ranger这款分析软件能够自动化生成每个细胞的转录图谱，并确定对基因表达水平的扰动效应。随后，您可以利用Loupe Browser可视化软件，通过聚类交互式探索整体的扰动差异，并比较不同扰动之间的差异基因表达。您可以从10x Genomics支持网站上免费下载Cell Ranger和Loupe Browser。
