关于本数据集
- 物种和组织人类胰腺
- 疾病腺癌
- 基因组合名称Xenium人类多种组织 + 附加基因表达
- 保存方法FFPE
- 区域面积（µm²）22,386,228
- 高质量解码转录本总数23,926,081
- mRNA靶点总数474（377个基本基因 + 97个附加基因）
从本数据集中深入挖掘信息
Xenium原位分析以亚细胞分辨率定位人类癌症组织阵列中的474条RNA转录本。
Xenium的捕获区域上可放置九张癌症组织切片。在此，我们探索了一张人类胰腺癌切片。所有高质量转录本都以密度图的形式显示，然后以每个基因定位图的形式查看。黄色代表高表达，绿色代表中等表达，蓝色代表低表达或零表达。
Xenium人类多种组织和癌症基因组合确定多种细胞类型。
所有预期的胰腺细胞类型都能被清晰鉴定：腺泡细胞（外分泌细胞）、内分泌细胞和导管细胞。多种免疫细胞也被分辨出，包括淋巴管内皮细胞。至少可以分辨出三种不同的肿瘤亚型。一种亚型的特点是缺乏CFTR（囊性纤维化跨膜传导调节因子）表达，该基因对胰腺的导管分泌功能至关重要。另一种亚型由腺泡化生细胞组成，它们获得了肿瘤和导管基因表达。
组织形态在Xenium分析后得以保留，可在观察细胞类型的同时查看。
胰腺癌细胞类型被叠加并配准到H&E图像上，该图像来自Xenium分析和免疫荧光染色后的同一张切片。
胰多肽（PPY）蛋白与RNA表达高度相关。
在Xenium分析后的同一张切片上进行B细胞标志物CD20（白色）、肿瘤标志物TROP2（红色）和内分泌F细胞标志物PPY（绿色）的免疫荧光染色。使用Xenium数据进行分配允许叠加细胞分割和RNA转录本（如PPY）信息。Xenium PPY转录本计数（Q值 ≥ 20）和PPY免疫荧光（AU = 荧光强度的任意单位）之间的关联图显示Spearman相关系数为0.8。
利用K-D树二次分析确定细胞邻域，然后用Xenium Explorer进行验证。
对于每种细胞类型，查询K-D树可以确定在一定半径范围内的所有其他细胞中心点。利用每次查询得到的指数，对细胞类型进行统计，并将每种细胞类型的邻域比例绘制成堆叠的柱状图。利用Xenium Explorer中的套索工具对细胞比例进行验证，并与二次分析进行比较。
每个肿瘤细胞亚型的周围都有独特的细胞邻域。
肿瘤细胞、化生细胞、CFTR-肿瘤细胞和腺泡细胞的细胞类型比例堆叠柱状图，不包括“自身”特征。肿瘤细胞的周围主要是其他肿瘤亚型。化生肿瘤细胞（表达ANPEP等腺泡基因）与其他腺泡细胞和肿瘤细胞相邻。CFTR-肿瘤细胞主要与巨噬细胞相邻，表明这种细胞亚型很有可能与肿瘤的生长、进展和侵袭性相关（Poh & Ernst, 2021）。
Poh A and Ernst M. Tumor-Associated Macrophages in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Therapeutic Opportunities and Clinical Challenges.Cancers: 12, 2021.
深入了解Xenium原位分析
除了人类多种组织和癌症基因组合，我们还提供了多种精心设计和甄选的基因组合，包括人类乳腺、人类大脑、人类肺部、人类皮肤、人类结肠、小鼠大脑、小鼠组织图谱分析，以及附加或独立的定制基因组合，以满足您的研究需求。
